Bifidobacterium může účinně inhibovat běžné kazení a nízké - teplotní bakterie. Její antibakteriální účinek je hlavně prostřednictvím konkurence výživy a adhezních míst, produkce antibakteriálních látek a posílení imunity těla. Má vliv na adhezi a reprodukci střevních patogenních bakterií. K antagonismu a blokování patogeneze onemocnění. Antibakteriální látky produkované bifidobakterií jsou hlavně organické kyseliny, bakteriociny, bakteriociny a další antibakteriální látky.
Těkavé krátké - řetězové mastné kyseliny, jako je kyselina mléčná a kyselina octová, což jsou metabolity bifidobakterií, zvyšují koncentraci iontů vodíku v prostředí, což je vyšší než koncentrace iontů vodíkových iontů v buňkách patogenních bakterií. Hodnogenní ionty proniká do buněk patogenních bakterií, aby se okyselifikovaly cytoplazmy, ovlivňují jeho růst a dokonce inaktivují patogenní bakterie k dosažení antibakteriálních účinků.
Studie ukázaly, že fermentační vývar bifidobakterií má zjevný antibakteriální účinek in vitro a nízký pH je důležitým podmínkou pro jeho antibakteriální účinek. Kromě toho mohou některé bifidobakterie metabolizovat a produkovat protein syntetizovaný ribosomy s antibakteriálními účinky, nazývanými bakteriální toxiny, které mohou inhibovat růst jiných patogenních bakterií.