Probiotika jsou obecně bezpečná a nemají žádné významné vedlejší účinky. Mnoho probiotik jsou v lidském střevě normální mikroorganismy, zejména klinicky používaná probiotika, jako je bifidobacterium a Lactobacillus, které jsou samy o sobě normální součástí gastrointestinální flóry a druh mikroorganismu, která koexistuje ve střevech. Po přípravě léku nebudou existovat žádné zjevné vedlejší účinky.
Existují probiotika, jako je Bacillus licheniformis, která neexistují ve střevech. Po dlouhém použití - mohou mít někdy mírné vedlejší účinky. Celé střevo se používá hlavně k zastavení průjmu a někdy existují vedlejší účinky zácpy, ale tento vedlejší účinek je relativně mírný. , může být po zastavení služby rychle uleven a je to obecně velmi bezpečné.
Někteří kriticky nemocní pacienti, zejména pacienti se zhoršenou funkcí střevní slizniční bariéry, jsou vystaveni riziku vstupu bakterií do krve přes střevní slizniční bariéru, když jsou podávána probiotika. Zda však existují bakterie vstupující do krevního řečiště a zda způsobí újmu, je stále neprůkazné . . Proto jsou celková probiotika relativně bezpečná a nemají žádné zjevné vedlejší účinky. Může být použit jako zdravé a zdravé jídlo nebo jako lék k léčbě zažívacího, zácpy a průjmu.